È impossibile entrare in questo luogo senza avvertirne il peso della sacralità. La cripta è infatti lo spazio più intimo e raccolto dell’intero santuario. Già da soli i calchi della mano e della faccia di Giovanni XXIII, eseguiti dopo la sua morte dal grande scultore bergamasco Giacomo Manzù, basterebbero per renderla un luogo speciale. Ad arricchirla ulteriormente è il crocifisso posizionato di fronte alla teca, a ricordo di quello che il Papa Buono volle sempre di fronte al suo letto.