Es imposible entrar en este lugar sin sentir el peso de su sacralidad.
La cripta es, de hecho, el espacio más íntimo y acogedor de todo el santuario.
Sólo los calcos de la mano y el rostro de Juan XXIII, realizados tras su muerte por el gran escultor bergamasco Giacomo Manzù, bastarían para hacer de ella un lugar especial.
Lo enriquece aún más el crucifijo colocado delante del santuario, en recuerdo del que el Papa Bueno siempre quiso tener delante de su cama.