Es ist unmöglich, diesen Ort zu betreten, ohne das Gewicht seiner Heiligkeit zu spüren.
Die Krypta ist in der Tat der intimste und gemütlichste Raum im gesamten Heiligtum.
Allein die Abgüsse der Hand und des Gesichts von Johannes XXIII., die nach seinem Tod von dem großen Bildhauer Giacomo Manzù aus Bergamo angefertigt wurden, würden schon ausreichen, um sie zu einem besonderen Ort zu machen.
Eine weitere Bereicherung ist das Kruzifix, das vor dem Schrein steht, in Erinnerung an das Kruzifix, das der gute Papst immer vor seinem Bett haben wollte.