Il Seminario Vescovile Giovanni XXIII è situato sul Colle di S. Giovanni, nel borgo storico di Bergamo Alta.
Nei secoli la struttura educativa ha occupato varie sedi e il complesso odierno ne è solo l’ultimo esempio. Il Seminario di Bergamo nacque infatti nel 1567, pochi anni dopo il Concilio di Trento (1545), che rese questo tipo di struttura un requisito obbligatorio per tutte le cattedrali; quello di Bergamo fu il settimo seminario ad essere fondato in tutto il mondo.
Il 1° ottobre 1567 aprì presso la Chiesa di S. Pancrazio, per esser successivamente trasferito, nel 1572, al Seminarino di via Tassis, che ad esso deve il proprio nome. Nel 1821, infine, il continuo aumento delle vocazioni e delle esigenze educative degli alunni portò al suo definitivo trasferimento sul Colle. Qui svetta ancora oggi, benché in una veste nuova: tra 1961 e 1966, infatti, gli edifici esistenti furono profondamente ristrutturati secondo un progetto firmato dagli architetti Sonzogni e Pizzigoni.
Dal punto di vista architettonico, il complesso si presenta come una vera e propria cittadella nella cittadella. Stilisticamente, ogni suo edificio rilegge i ritmi dell’architettura medievale declinandola progressivamente in un’ottica moderna, caratterizzata da ampie vetrate di sentore quasi industriale. La facciata è rivestita da lastre di pietra, intonaci in varie tonalità e trachite grigia per le cornici delle finestre.
Durante la ristrutturazione si mantennero in parte gli esistenti palazzi Sozzi e Bernareggi, la Chiesa di S. Giovanni sul Colle e la facciata di Palazzo Bianconi, che costituiva l’ingresso monumentale del precedente seminario.
Altri ambienti furono costruiti ex-novo fino a ottenere otto livelli, che rispondono a diverse funzioni. Essi ospitano da un lato la chiesa, la palestra, il teatro, le cucine e i refettori ipogei, dall’altro il liceo, le aule propedeutiche, di teologia e la biblioteca. Sulle coperture delle strutture interrate si trovano invece i cortili destinati allo svago. Ciò che collega i diversi blocchi sono due gallerie ad andamento anulare, da cui diramano scale e ascensori verso i vari edifici
A sottolineare la natura spirituale del complesso è la chiesa ipogea, in posizione centrale rispetto al complesso: con la sua pianta ellissoidale, l’ambiente reminiscente di una grotta e la vetrata gigante che proietta lo sguardo sul sagrato e, da lì, sulla città, resta sicuramente impressa.
Il seminario è dedicato alla figura di Papa Giovanni XXIII, che ne fu l’alunno più famoso e che incoraggiò i lavori di ristrutturazione, benché destinato a non vederli mai conclusi. All’inaugurazione del nuovo Seminario (5 novembre 1967), il Papa era infatti mancato già da quattro anni. A lui fu dedicata anche la maestosa statua a grandezza naturale che veglia sull’ingresso, realizzata in bronzo da Stefano Ferrari nel 1966, così come una delle cappelle della chiesa ipogea.